本片将描绘被称为日本史上最大谜团的“本能寺之变”前一日，追踪这一谜团的历史悬疑电影。故事从现代的京都开始，正处于即将结婚的人生岔路上的茧子（绫濑遥 饰）住进了一家本能寺酒店，这是一家能够与战国时代相连的不可思的酒店，茧子在这里遇见了即将统一天下的织田信长。

中年上班族荒方透留（飯尾和樹 飾）體質相當特殊，只要一吃鮭魚卵身體就會變透明。荒方的長女美智留（岸明日香 飾）某天遇到了自稱是星探的人，正當美智留差點被騙而陷入危機時，剛好被藤堂（小谷嘉一 飾）所救，此後美智留就對藤堂十分在意。這天，美智留吃了鮭魚蓋飯後赫然發現，自己的身體慢慢變透明了，原來她和透留一樣擁有奇特的基因。另一方面，透留發現一起社會案件與某間製藥廠有關，於是決定潛入製藥廠調查。剛好藤堂的女友小百合在該製藥廠打工，於是藤堂希望女友幫他竊取重要文件資料。不料，小百合此舉卻被製藥廠的人發現，於是透留與美智留父女倆就變成透明人，展開一連串的調查，決心揭發製藥廠的陰謀……